Наоборот все логично. Она все разузнала о Джоффри, все разузнала о Томмене, и сделала вывод, что Джоффри - садист, который сделает ее милую внучку несчастной, а другой - милый мальчик, которым, к тому же, куда проще управлять. Чем, собственно, Маргери довольно успешно занималась. Серсею при этом вполне можно было потихоньку отставить в сторонку - главное перехватить контроль над маленьким королем. Видимо, вот как раз Серсею она недооценила - полагаю, по плану Тиреллов, Джоффри умирает, Маргери выходит замуж за Томмена, Тиреллы занимают большинство постов в малом совете, и через Маргери управляют Томменом, а через него - страной.