Думаю, вы излишне усложняете.
Запретить Брану и Арье вести себя так, как они себя ведут, можно только очень свирепыми методами, что сделать родители конечно могут, но ничего хорошего из этого не получается.
Эддард Старк- образцовый отец, у него прекрасно получается воспитывать детей, он находит с ними общий язык, видит, что можно сделать, что невозможно, он разрешил Арье иметь меч потому, что уж лучше пусть она учится фехтованию у квалифицированного учителя, чем ищет себе приключения на все места,
он вообще-то запрещал Брану, пытался, чтобы он не лазил где не следует, но он увидел, что это невозможно, разве что посадить его в темницу.
Религиозность Эддарда тоже не особенно удивительная, лорд Блэквуд и Джон Амбер ведут себя примерно так же, когда мы можем об этом судить, в Риверане Робб со спутниками преклоняет колени в богороще, там упомянуты Мейдж Мормонт, Галбарт Гловер, Джон Амбер, Рикард Карстарк, Титос Блэквуд.
Уж Джон Амбер особенно религиозным человеком по другим событиям книги как будто не выглядит, но когда заходит речь об отделении севера от остального королевства- он прямо заявляет, что новые боги ложные, старые- истинные, так получается на его взгляд.
РелигиозностьЭддарда Старка не выходит за какие-то особые северные рамки.
Куда ещё и приходить после казни, пусть и законной и должной, но всё-таки казни, как не в богорощу, Эддард Старк- психически здоровый, добродетельный человек, это Рамси Сноу-Болтону доставляет удовольствие убивать людей и его отцу, как мы можем предположить, тоже.