Валирийцы, т.е. и таргариены были язычниками?
Да. Говорилось что-то вроде "верили во всех богов", то есть, скорее всего, валириец мог и в Сиракс верить, и в Утонувшего, и в Старых, и нигде им не жало.
После завоевания, Таргариены по прежнему верили в валирийских богов или ассимилировались?
Скорее всего, последние Тарги до завоевания - Эйгон и сестры, придерживались обычаев Валирии - перед завоеванием они молились в септе Драконьего Камня - то есть, Семерым, но потом Висения женила сына на второй жене по валирийским обычаям, и нигде ей не жало, опять же. А вот после Мейгора никаких упоминаний о валирийских обычаях нет.
Смысл было это делать, если драконов больше не существовало?
Про промежуток между регентством Эйгона Третьего и детишками Эйгона Пятого мы ничего не знаем - почему там в отсутствие драконов сестер женили с братьями - науке это неизвестно.
А вот по поводу после Эйгона - знаем, Джейхейрис женился на сестре по любви и потому что упарывался по
тысячелетнему рейху древней Валирии, а детей своих поженил, потому что упоролся по пророчеству.