Теория №1 или слабовероятная. В Вестеросе не принято называть животных именами людей. Волчица Арьи, по сути, единственное животное во всей саге у которого есть имя как у человека. Ну еще драконы Дейенерис, но ведь они для нее как дети, а не питомцы. Да и это драконы, а не собачки/лошадки, им можно. У всех остальных известных животных имена не такого типа- Лето, Лохматый Песик, Леди, Призрак, Ветер, Неведомый... Но разве такая мелочь может спровоцировать большой скандал?
Теория №2. В старинных песнях, Нимерия считается королевой-ведьмой. Возможно, кто-то решил, что негоже называть волчонка именем которое вызывает ассоциации с ведьмой, пусть и королевой. Хотя эта версия тоже выглядит сильно притянуто, учитывая, что Нимерия знаменита в первую очередь не колдовством.